Analyser les clusters pour déterminer des différences d’abondance ou d’intensité de marqueurs entre deux ou plusieurs conditions.
Différence d’abondance => Differential Abundance = DA
Différence d’intensité => Differential State = DS
Toute analyse est incomplète sans une analyse exploratoire qui contrôle la qualité des données et identifie d’éventuels biais (acquisition, marquage) => quality control = QC
Nous utilisons le cloud de l’Insitut Français de Bioinformatique (RainBio IFB) pour créer un serveur virtuel proposant analycyte. Analycyte est une application Shiny d’analyse post-clustering. La procédure de déploiement est disponible ici.
L’aide complète d’analycyte est disponible sur quarto.pub.
Mice age - Spectral cytometry - Emmanuelle Nasser, unpublished data.
Chikungunya virus - Mass cytometry - Michlmayr et al., 2018, Comprehensive innate immune profiling of chikungunya virus infection in pediatric cases and are available at FlowRepository.